El padre Pantoja intensifícó su labor de escritor abordando temas históricos, geográficos, bíblicos, catequéticos y apologéticos. Desde 1611 a 1616 publicó en Pekín nueve obras escritas en chino; entre ellas sobresale la titulada Las siete victorias qikedaquan 七克大全 (contra los siete pecados capitales), varias veces reimpresa en los siglos siguientes. Esta obra mereció que el emperador manchú Chien Lung la incluyera en el año 1778 en su gran colección de libros excelentes. Según Cary-Elwes “... Lo merecían sus muchos méritos: por sus elevados pensamientos y la pureza de su moral, su andadura metódica y luminosa, la altura y elegancia de su estilo tradicional con exacta y concisa fraseología. Todo ello muestra que el autor estudió a fondo, no sólo a los autores modernos de la lengua hablada, sino a los antiguos clásicos. Incluso letrados no cristianos consideran que esta obra es de las más importantes escritas en lengua china”.

De 1615 a 1617 fueron unos años dramáticos para los jesuitas en China. Mientras el General de la Compañía de Jesús, Claudio Acquaviva, establecía la Vice-Provincia de China, estalló una campaña de falsedades e injurias, provocada por un letrado confuciano en Nanking, que consiguió que el Tribunal de Ritos ordenara la prisión y expulsión de los jesuitas que trabajaban en esa ciudad. 

El padre Pantoja escribió en 1616 una apología de la religión cristiana contra aquellas calumnias, y los principales mandarines cristianos procuraron también que el decreto fuera rescindido. Todo fue en vano; a principios de 1617 el emperador Wan Li decretó la expulsión de los jesuitas de China.

Diego Pantoja fue expulsado de Pekín el 18 de marzo de 1617, retornando al enclave portugués de Macao. Allí falleció en el mes de enero de 1618 a los cuarenta y siete años de edad, de los cuales veintiocho estuvo en la Compañía de Jesús, y veintiún años en China.