La teología que se producía y se enseñaba a finales del siglo XIX (1890-1903)
En enero de 1892 se inicia la vida escolar en el Seminario de Comillas con 54 alumnos bajo la dirección del P. Tomás Gómez.
Este grupo de alumnos comenzó a estudiar latín, griego, gramática, geografía e historia. Los estudios se fueron implantando progresivamente siguiendo al pie de la letra la Ratio Studiorum.
En el curso 1896-97 se inician los cursos de Filosofía y en el curso 1899-1900 «comenzaron sus estudios de Teología escolástica bajo la dirección del P. Manuel Arín; de Teología moral, con el P. Francisco Larrarte; y de Derecho eclesiástico público y privado (tal es el título oficial que se daba a la asignatura), con el P. Evaristo Epiñázar, que también enseñaba lengua hebrea.»
Los textos escogidos fueron los del P. José Mendive, para la Escolástica, y el del P. Gury, para la Moral; el del P. Tarquini, para Derecho Eclesiástico público, y el del escolapio P. Pedro Gómez, para el hebreo.
«Los métodos, los mismos que en filosofía eran: lecciones, repeticiones, círculos mensuales, casos de moral» (Camilo María Abad, El Seminario…, 1928, págs. 114-115.). Había además disputas sabatinas y mensuales y algunas academias de ampliación sobre hebreo incluso los domingos.
En el programa de 1899 de la Facultad de Sagrada Teología se señala que en primero se explica la Teología general o de Locis, las instituciones de Derecho público eclesiástico, una clase diaria de Teología Moral y tres clases semanales de lengua hebrea. En segundo se explica Teología Moral. En tercero, clase diaria de Sagrada Escritura y alterna de Historia Eclesiástica. En cuarto clase diaria de Sagrada Escritura y alterna de Instituciones de Derecho Canónico privado.
En 1899 se abre la Facultad de Derecho Canónico. Para cursar esta Facultad había que haber terminado la teología. Eran tres años en los que se estudiaba en el primer año las Instituciones de Derecho público y privado y en segundo y tercero se explicaba el texto de las Decretales además de otras asignaturas.
Piedad, estudio y disciplina eran los pilares de la vida intensa y sencilla, casi monacal de los primeros seminaristas. En 1904 ya eran 127 seminaristas. La teología predominante era la escolástica tomista y en teología moral predominaba el casuismo. Todo, por supuesto, en latín.